在第一批飞船成功修复之后，行星发动机附近突然发现虫族活动的痕迹，士兵们被紧急征召前往迎战虫族，罗舟则是按照指挥官的指示继续保护飞船。飞船派果然发动叛乱想要抢夺飞船，主角所在的小队跟叛军激烈交火，最终在共同努力之下，成功击败叛军，粉碎了飞船派的计划。
这次的战斗内容是一次比较长的电影化流程，全都是在星际战舰所在的场景进行的。
在星际战舰外，严禁大型作战武器进入禁区，但还是有大量的叛军通过种种方式混了进来。这些叛军的目的就是夺取星际战舰叛逃，罗舟的小队和其他战士们在星际战舰内部跟叛军激烈交火，并最终将他们全都消灭。
不过在战斗的最后，恼羞成怒的叛军孤注一掷，使用了特殊的生化武器，虽然战斗最终结束了，但罗舟和很多士兵都遭受重创。
执政官决定让这批战士进入冬眠，并通过机械义肢等新技术修复他们的身体，让他们在未来的某个时间再度复活。
虽然这次成功瓦解了飞船派的图谋，但执政官意识到这很可能只是一次试探，真正的飞船派组织隐藏得一定很深，在未来还有可能会卷土重来。所以，他在暗地里给这批冬眠的战士一份特殊的使命，就是在自己死后，也能保证星际火种计划可以顺利地推行下去。
第三阶段的内容到此为止，这个阶段算是剧情前半段的一个小高潮，电影化流程能够最大限度地激发玩家的情绪，各种大场面的营造让玩家的肾上腺素激增。在战斗中，穷凶极恶的叛军、队友负伤、爆炸和混乱的场景，等等这些元素都可以很好地调动玩家的情绪，让第二阶段被压抑的情绪得以释放。
第四阶段的内容，是罗舟冬眠结束后的剧情。
自从主角冬眠之后已经过去了数十年，等他从冬眠中苏醒过来之后，整个人类世界已经发生了天翻地覆的变化。
在冬眠中心服务人员的引导下，罗舟领到新的防护服，去军营报道。离开冬眠中心之后罗舟才发现，原来现在人类已经转入了地底，外面的世界也已经发生了翻天覆地的变化。
原本的执政官已经死去，现在的新任执政官不论是手腕还是能力都要略逊一筹，表面上风平浪静，实际上高层的局势已经是乱成一团。
罗舟原本的队员只有一名跟他一同冬眠、一同苏醒，其他的队员或者是病死，或者是老死，或者是在和虫族的战斗中死去，都已经离开了人世。
不过罗舟很快就被分配了新的队员，作为一名曾经立下过不朽功勋的军士长，罗舟在军营中受到了极大的尊重。
这方面在游戏中有非常直观的提现：军营中的所有人都对罗舟毕恭毕敬，而且在商人那边购物也可以享受很不错的折扣。
而后，罗舟恢复了士兵的身份，再度率领自己的小队出发前往地表进行探索工作。
回到地表之后，罗舟才发现原本熟悉的场景已经发生了翻天覆地的变化。
一万多米的行星发动机早已经完全建成，以前还只是一个空架子，现在已经变成了一座硕大的钢铁山峰，还在喷射着蓝色的粒子尾焰，强烈的光亮让周围的区域永远都是白天。
原本红褐色的荒原已经变成了白茫茫的雪原，其实严格来说那并不是雪，而是二氧化碳在极冷条件下凝结成的干冰，环境已经陷入绝对的严寒。
在行星发动机附近温度会高很多，如果在行星发动机脚下的话，即使防护服破损或者能源耗尽也不会被冻死，顶多是冻伤，但如果离行星发动机比较远的话，那么防护服的恒温系统失去能源就意味着死路一条。
第四阶段的游戏内容，跟第一阶段有些类似，同样是半开放世界的玩法。
罗舟和自己的小队在茫茫雪原上执行任务，比如解救被困的运输车队、到一些非常偏远的地方去围剿残存的虫族、在厚厚的冰层下面寻找可以废物利用的资源，等等。
在行星发动机启动的过程中，星球的地壳还是发生了一些震动，许多大型矿场坍塌，也有一些虫族挖掘出来的巢穴发生了塌陷。这些地方还有一些可供利用的资源，但已经很难去搜寻，只有罗舟这样的小分队才会去寻找。
通过第一阶段和第四阶段场景的对比，玩家会产生一种恍如隔世之感。罗舟在执行任务的时候还能依稀认出数十年前跟虫族战斗过的地方，还在某个废墟下面发现了自己曾经驾驶过的机甲残骸。但时过境迁，曾经多到让人恶心的虫族，现在也只是在苟延残喘，遇到虫族的概率下降了很多。
但这也并不意味着虫族已经毫无威胁，它们反而更加学会了隐藏自己，而且在这数十年的进化中，它们又获得了一些专门针对人类武器的特长，甚至诞生了很多种新型的虫族。
相比第一阶段而言，虽然第四阶段同样是半开放世界的游戏玩法，但难度提升了很多。虫族的实力更强、出现了不少新兵种；玩家在荒野中能够搜刮到的资源变得更少了；环境更加恶劣，永远处于温度极低的状态，一旦防护服破损或者能源用尽，就可能会有生命危险。
除了虫族之外，玩家还有可能遭遇叛军的袭击，这些叛军对罗舟都是欲除之而后快，敌人的情况变得更加复杂。
随着任务线的推进，玩家也慢慢知道了现在的大背景。
为了让星球获得足够的速度，最高执政官决定使用引力弹弓的方针，利用NGC-X-3进行加速。但这毫无疑问是一场豪赌，一旦失败，星球将会跟NGC-X-3相撞，人类将迎来灭顶之灾。
在这种紧要关头，已经蛰伏数十年的飞船派，再度蠢蠢欲动起来。
之前飞船派抢夺飞船的行动显然只是一次投机，真正的飞船派首脑潜藏在高层中伺机而动，他们并没有无所事事，在这数十年中，他们一直在秘密发展飞船派的成员，为接下来的计划做准备。
至于飞船派的理由也非常充分，他们依旧认为引力弹弓所带来的风险是完全不可控的，一旦失败，人类文明将迎来灭顶之灾。所以，这些自诩精英的飞船派更加迫切地要夺取星际飞船，立刻逃离这颗星球，延续人类的火种。
而这次对于飞船派来说已经是最后的机会，很多飞船派的核心成员已经完全丧失了理智，这次的叛乱将会直接决定着人类的未来。
在一次调查中罗舟偶然发现，飞船派已经渗透到了军队中的高层，他们甚至将目标瞄准了行星发动机，妄图破坏行星发动机引发混乱，从而夺取星际飞船。
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