由于具备着如此庞大而深厚的在朝与在野势力，即便是掌握国家机器的历代日本当权者，一般也都对佛教界奈何不得。幸好日本的佛教内部宗派众多，各有各的教义和纲领，彼此分歧对立得非常厉害，寺院之间通常也没有明确的隶属关系，一直难以形成合力，这才未能抢班夺权，把日本变成一个“地上佛国”。
——战国时代的本愿寺一向宗曾经如此努力过，并且一度对武家社会构成过挑战，但最终还是失败了。
总之，日本的佛教徒们虽然一盘散沙，无法对国家政权构成强力的挑战，但若是有谁胆敢与整个佛教界为敌，那么由此导致的结果简直堪称噩梦，跟在中世纪欧洲反对基督教的难度也差不了太多。
在日本古代历史上多次降临的乱世之中，地方军阀若是被朝廷定为“朝敌”，倒还没什么大不了的，只要打个胜仗就能摇身一变成为忠臣。但要是不幸被扣上了一顶“佛敌”的帽子，那么就会如附骨之蛆一般，被一波接一波的佛教徒起义折腾得焦头烂额。比如那位鼎鼎大名的“第六天魔王”织田信长，就让本愿寺一向宗掀起的全面起义给折腾得好惨，最后还被一把大火做成了地狱烧烤料理……
——织田信长还只是本人对佛教不够虔诚，他的部下依然基本都是信佛的，在近畿的遭遇尚且如此焦头烂额。那么，当西国和九州这帮正牌的切支丹大名们打进京都之后，佛教界的态度自然可想而知！
事实上，毛利家在出兵之前，已经考虑到京都的佛教势力强大，故而下令约束军队，暂时禁止捣毁佛寺，而是准备在宗教问题上仿照奥斯曼土耳其，实施“温和政策”，在允许异教徒保持信仰的同时，对他们课以重税，而对于基督教徒则按人口分配土地，还有各种优惠措施。同时，原本被佛寺垄断的丧葬坟墓产业，也被教堂所分润，不再由佛教一家专营——跟西方一样，日本的教堂也都附设着墓地。
但问题是，即便是这样的“温和”政策，也让眼高于顶的日本和尚们根本无法接受了——在历史悠久的近畿地区，他们这些佛寺僧团一向都是日本统治阶层的重要组成部分，属于人上人一般的存在，跟青藏高原上那些侍奉活佛的僧官也没差多少！哪里受得了这样的歧视待遇？
再加上许多从九州和西国逃过来的和尚，都在哭诉“切支丹”拆庙灭佛的暴行，于是更是激起了近畿佛教界对这帮基督徒的恶感，认为他们都是跟自己不共戴天的佛敌——要知道，日本的和尚可没有中国和尚那么谨小慎微、与世无争，而是实打实的造反专业户！多少年跟武士们一路厮杀过来的！
早在平安时代末期，后白河法皇就曾经发动奈良和比叡山的僧兵，跟平清盛的军队恶战过，之后从镰仓幕府到足利幕府，近畿僧兵一向都是决定日本前途和命运的重要武装力量，一直要到幕末时代，佛寺的力量才终于没落下去……而在战国时代结束不久的十七世纪，日本佛教界的武力显然还很强大。
如此一来，当毛利家大军攻入京都之后，结果却是一脚踏进了火坑，或者说是启动了一场大爆炸的开关——虽然打着十字旗的倒幕军在战场上取得了全面胜利，但在佛教界的整体敌视之下，绝大部分朝廷公卿和整个日本皇室都拒绝与毛利家合作，宁可跟着德川家撤往江户，使得倒幕军始终无法得到大义名分。
更要命的是，日本两大佛教圣地比叡山和奈良的几位佛教界首领，当然也包括军事斗争经验最丰富的本愿寺一向宗，还公然宣布信奉西洋番教的毛利家，乃是天下所有寺庙的佛敌，号召四方的僧侣和信徒与之战斗到底，在近畿掀起了一场轰轰烈烈的全民宗教战争！
于是，整个倒幕军上下顿时全都坐蜡了——随着近畿佛教势力与西国切支丹军队的矛盾总爆发，不仅畿内几个原本态度游移的小藩，在各家佛寺的干涉与影响下，从此不得不跟倒幕军血战到底。就连倒幕军阵营内，也有很多不够坚定的武家势力发生了态度动摇，开始出工不出力，导致战局愈发艰难。
虽然近畿各家佛寺组织起来的叛军，都是一些无组织无纪律的乌合之众，甚至连一个负责协调各路人马的总帅都没有，军械装备也简陋到了极点，不要说洋枪火炮了，连松木炮都没有几门。但面对几万甚至几十万被煽动起来的暴民乱党，哪怕只是拿着石头和木棍，也足以让人头皮发麻了。
一时之间，倒幕军在近畿几乎成了过街老鼠，辎重经常遭到劫掠，小股部队则频繁遭到埋伏。面对着风起云涌的全面骚动，尽管毛利秀就藩主从大阪前线火速调回了最有战斗力的近代化新军，用于讨伐佛寺，弹压佛教徒叛乱，但依然是焦头烂额、捉襟见肘，顾得了这头就顾不了那头……好几次被打得岌岌可危。
至于大阪前线的战事，更是一下子陷入了僵局——虽然守随信吉在后来又得到了不少援兵，总兵力一度多达三万，还牢牢掌握着制海权，粮食、军火补给源源不断。但问题是，他如今麾下兵马多为各藩凑起来的乌合之众，以及狂热基督徒自发组建的“圣战”团体，战斗力和纪律性都跟之前完全没得比。
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